Atlantiszt az Õsök építették sok millió évvel ezelõtt. A város (amely valójában egy hatalmas ûrhajó) egy ideig a földi Antarktiszon feküdt, azonban miután az Õsöket megtámadta egy halálos vírus, elmenekültek vele a távoli Pegazus-galaxisba. A Tejútrendszerbe csak az atlantiszi Csillagkapun keresztül lehet visszajutni, ezzel akarták az Õsök megakadályozni, hogy a vírus átterjedjen az új galaxisba is, és késõbb, a lidércekkel vívott háború során is hasznosnak bizonyult.

A város teljes mûködtetéséhez szükséges energiát eredetileg három Zéró Pont Modul nevû õsi energiaforrás biztosította, azonban a földi expedíció megérkezésekor már mindhárom majdnem lemerült. Dr. Weiréknek feltétlenül meg kell találniuk a Pegazus-galaxisban maradt ZPM-eket, hogy bekapcsolhassák az Atlantisz fõ védelmét szolgáló energiapajzsot, vagy a csillagközi utazáshoz elengedhetetlen hajtómûveket.

Atlantisz felhõkarcolók sokaságából áll, amelyek hat pilonon állnak, és amelyek között a leggyorsabban transzporterszobákkal lehet közlekedni. Dr. Rodney McKay szerint a városban annyi szoba található, mint Manhattanben. A komplexum központja (és egyben a legvédettebb része) a csillagalak közepén található irányítótorony, ahol a vezérlõterem, a kaputerem, a felette lévõ Pocsolyaugró-hangár és a konferenciatermek találhatók, valamint néhány lakókörzet.

Atlantisz hat pilonját még messze nem derítette fel teljesen az expedíció, de annyi elmondható, hogy sok lakóhelységbõl, laboratóriumból és dokkokból állnak, ezen kívül az egyik pilonon van az õsi rakétákat irányító Õs-szék is. Az Elveszett Város még nagyon sok titkot rejt, ráadásul egyes technológiai csodák aktiváláshoz szükség van a ZPM-ek által biztosított energiára, ami az expedíció számára egyelõre nem elérhetõ.

A város felderítését folyamatosan végzik, de a földinél messze fejlettebb technológia, és az ebbõl következõ számos baleset sokszor megállásra készteti tudósainkat.