Az őrnagy (aki egy nagyra becsült, hidegháborús ezredes fia) egyik afganisztáni bevetése során bajtársai megmentése érdekében megtagadott egy hivatalos parancsot, mire a Légierő büntetésből az Antarktiszra küldte. Itt derült ki, hogy Sheppard rendelkezik azzal a ritka génnel, amellyel az Ősök gépeit lehet irányítani, és ezért Dr. Weir felvette az expedíció tagjai közé. Végül nagyobb szerepet kényszerül vállalni az eseményekben, mint szeretné, mivel már az első küldetés után át kell vennie Atlantisz katonai részlegének, és az első számú felderítő csapatnak az irányítását.
JOE FLANIGAN
Amikor Joe Flaningan vendégszerepel egy sorozatban, általában hosszabb ideig matad - többször szerepelt pl a Providence-ben vagy a Profiler-ben. Legismertebb szerepe a Sisters című sorozatban egy fiatal egyetemista srác, aki beleszeret egy idősebb, elvált nőbe. Emellett játszott a The Force-ban és a First Monday-ben.
Flanigan Reno mellett, Nevadában nőtt fel egy kis farmon, ahol a szülei ma is élnek. 14 évesen bentlakásos iskolába ment Ojaiba, Kaliforniába, ahol egy iskolai előadáson ő játszotta Stanley Kowalskit az `A Streetcar Named Desire`-ben. Később a Kolorádói Egyetemre ment történelmet tanulni, ahol egy előadáson Coriolanust játszotta. Másodévesként Párizsban tanult. Miután végzett, két new york-i magazinnak is írt, majd barátai tanácsára színészkedni kezdett. Először a Neighborhood Playhouse-ban tanult színészetet, ahol Eddie-t játszotta a Rabbit Trap-ben, majd Los Angeles-be költözött.
Első szerepeit az A Family Album és a Deadline for Murder: From the Files of Edna Buchanan jelentették, aztán szerepet kapott az A Reason to Believe című filmben. Játszott továbbá a Murphy Brown-ban, a Dawson's Creek-ben, a Cupid-ban, a Birds of Prey-ben, a Tru Calling-ban,a C.S.I. Miami-ban, a Man Made-ben, a The Precinct-ben, a Sherman's March -ban, a Club Paradise-ban. Szerepelt a The Other Sister-ben, a Silent Men-ben, Farewell to Harry -ben, a Thought Crimes-ban és a 111 Gramercy Park-ban is.
Joe szeret síelni, sziklát mászni, szörfözni, teniszezni, biciklizni és lovagolni.Amikor nem dolgozik a Stargate Atlantis felvételein, idejét legszívesebben feleségével, Katherine Flanigannel tölti a los angeles-i Hancock Park-ban álló 1926-os Tudor stílusú házukban.