A Csillagkapu: Atlantisz 2004-ben debütált az amerikai Sci-Fi csatornán. Az eredeti tervek szerint a Csillagkapu már 2002-ban véget ért volna az ötödik évaddal, majd egy második mozifilmmel, és ezt követte volna a spin-off. Azonban a Sci-Fi folytatni akarta az egyre sikeresebb Csillagkaput, így Brad Wright, és Robert C. Cooper (az Atlantisz megalkotói) úgy döntöttek, hogy a mozifilm történetet átalakítják egy közönséges Csillagkapu duplarésszé (The Lost City/Az Elveszett Város), és párhuzamosan futtatják a két sorozatot. Így az Egyesült Államokban a Csillagkapu jelenleg a tizedik, a Csillagkapu: Atlantisz a harmadik évadnál tart.

A spin-off a távoli Pegazus-galaxisban játszódik, amelyet több millió évvel ezelõtt gyarmatosítottak az Õsök, a Csillagkapuk építõi, akiket azonban ellenségeik, az életerõvel táplálkozó lidércek tízezer évvel ezelõtt elûztek.

A Csillagkapu Parancsnokság ebbe az új galaxisba küldte el a diplomata Dr. Elizabeth Weirt (Torri Higginson), és a világ legjobb tudósaiból, valamint katonáiból álló expedícióját, hogy találják meg Atlantiszt, és minél több információt gyûjtsenek az Õsökrõl. Az egyik felderítõ csapat azonban az Athos bolygón magára vonta a lidércek haragját, így az expedíció hamar szerzett magának egy nagyon erõs ellenséget.
Ugyanakkor új barátokat is találtak: Athos népét, akiket a fiatal Teyla Emmagan (Rachel Luttrell) vezet, és rajtuk keresztül még több szövetséget szeretnének kötni, ami azonban nem mindig sikerül.

A sok nehézség ellenére az expedíció sikerrel végzi munkáját, új világokat, kultúrákat, technológiákat fedeznek fel, és eddig a lidérceket is távol tudták tartani a Földtõl. Azonban védelmük egy hajszálon függ, és talán csak idõ kérdése, hogy teljesen összeomlik...